مقایسه استخراج DNA به دو روش Chelex و فنل کلروفرم از بلوک های پارافینی سرطانی

زمینه و هدف: بررسی تغییرات ژنتیکی در سرطان ها از دید مولکولی جهت تشخیص، پیگیری و درمان، لازم و ضروری است. برای انجام کارهای مولکولی اولین قدم استخراج DNA است. به کارگیری روش های عملی آسان و ارزان که بتواند استخراج DNA را برای کارهای مولکولی آسان تر کند، مفید خواهد بود معمولا پس از جراحی، نمونه های سرطانی به طور روتین در فرمالین ثابت و در پارافین قالب گیری می شوند و استخراج DNA با کیفیت مناسب از چنین نمونه های مهم است. هدف ما در این پژوهش مقایسه استخراج DNA به دو روش Chelex و فنل کلروفرم از بلوک های پارافینی سرطان کولورکتال و تاثیر آن در PCR-SSCP می باشد. مواد و روش ها: این مطالعه از نوع توصیفی تحلیلی است که بر روی 60 نمونه سرطان کولورکتال انجام شد. 10 نمونه در ناحیه رکتوم و 50 نمونه در بخش های مختلف روده بزرگ قرار داشتند. DNA نمونه ها به دو روش فنل کلروفرم و Chelex استخراج گردید. با اسپکتروفتومتری کمیت و کیفیت DNA اندازه گیری شد. سپس با پرایمرهای ویژه ژن P53 با PCR تکثیر گردید و متعاقب آن،‌ الکتروفورز انجام شد. دو روش Chelex و فنل کلروفرم با ضریب توافق کاپا تجزیه و تحلیل شدند. یافته ها: از 60 نمونه مورد مطالعه، 15 نفر خانم و 45 نفر مرد بودند. سن بیماران در نمونه مورد مطالعه بین 44 تا 91 سال و میانگین سن آن ها 62 سال بود. در روش Chelex از نمونه های فیکس شده در فرمالین، در 44 نمونه DNA با کیفیت مناسب استخراج شد که PCR آن ها مثبت بود. در حالی که در روش فنل کلروفرم در همین نمونه ها در 32 نمونه DNA مناسب برای PCR مثبت وجود داشت. بین روش Chelex و فنل کلروفرم ارتباط معنی داری مشاهده شد (p